Der Reichtum der Pflanzenwelt reflektiert sich im Register von bisher 1000 verzeichneten Pflanzenarten und –unterarten, wovon 79 endemisch sind. Die große Vielfalt, das Vorhandensein reliktärer, endemischer, seltener, gesetzlich geschützter Arten, wovon viele im Roten Buch der Pflanzenarten in der Republik Kroatien und der IUCN Roten Liste gefährdeter Pflanzenarten aufgelistet sind, machen den Park zu einem floristisch gesehen äußerst wertvollem Gebiet, und zwar nicht nur in Kroatien sondern auch in Europa und weltweit. In der Flora des Parks dominieren folgende Familien: Korbblütler (Asteraceae) und (Cichoriaceae), Gräser (Poaceae), Hülsenfrüchtler (Fabaceae), Lippenblüter (Lamiaceae), Rosengewächse (Rosaceae) und Nelkengewächse (Caryophyllaceae).
Durch Denudation und Felsbrüche unter Einfluss von Sonne, Eis, Wasser und Temperatur entwickeln sich Tali oder Geröllhalden unter den steilen Kliffen und Gipfeln wie zum Beispiel Buljma oder Vaganski vrh. In solchen karstigen Lebensräumen kann nur eine geringe Anzahl von Arten erhalten werden, da der Untergrund locker und beweglich ist, und die gebrochenen Steine sind von unterschiedlicher Größe. Hier sind viele endemische Pflanzen zu finden, wie Kitaibel-Akelei (Aquilegia kitaibelii), Seseli malyi, Alpen-Leinkraut (Linaria alpina) und die verbreitete Mauermiere (Paronychia kapela).
Kitaibel-Akelei (Aquilegia kitaibelii)
In den Felsspalten herrschen spezifische mikroklimatische Bedingungen, welche vielen Pflanzen das Überleben des ungünstigen Zeitraumes der letzten Vereisung ermöglichten. Deswegen sind in diesen karstigen Lebensräumen viele endemische und reliktäre Arten zu finden. Einige von diesen sind die Fenster-Glockenblume (Campanula fenestrellata), kroatische Glockenblume (Campanula cochleariifolia), Waldstein-Glockenblume (Campanula waldsteiniana) und Sandkräuter (Arenaria orbicularis), welche in den Schluchten von Velika und Mala Paklenica und nirgendwo anders in der Welt zu finden sind.
Fenster-Glockenblume (Campanula fenestrellata)
Sandkräuter (Arenaria orbicularis)
Die Felsböden und Felsen sind mit seltenen und gefährdeten Arten bewachsen, wie zum Beispiel Tulpe (Tulipa sylvestris), Alpen-Seidelbast (Daphne alpina), Herzblättrige Kugelblume (Globularia cordiifolia), Rhamnus intermedia und Kleine Traubenhyazinthe (Muscari botryoides).
In Dolinen, in welchen der Schnee lange erhalten wird, entwickeln sich Gemeinschaften, welche durch den Reichtum an Arten und die Blumenbuntheit die schönsten Gestaltungen des Nationalparks Paklenica bilden. Besonders zahlreich sind hier die orange und gelbe Krainer Lilie (Lilium carniolicum), Thymian (Thymus sp.), Große Sterndolde (Astrantia major), Glatt-Brillenschötchen (Biscutella laevigata). In den niedrigeren Teilen des Parks, in Velika und Mala Močila, befinden sich feuchte Wiesen und bewirtschaftende Flächen, welche im Frühling reich an Orchideen sind.
Lilie (Lilium carniolicum ssp. bosniacum)
Als Rarität ist der Gelbe Frauenschuh (Cypripedium calceolus) zu erwähnen, eine der schönsten europäischen Orchideen, welche am Rande des Waldes gefunden ist.
Gelbe Frauenschuh (Cypripedium calceolus)