Die verschiedenen Lebensräume und die Höhenschichten bieten ein Zuhause für die vielfältige Fauna.

Man verfügt über relativ wenige Angaben zu wirbellosen Tieren im Park. Die meisten bekannten Arten von Wirbellosen gehören in die für die Besucher attraktiven Gruppen, wie z.B. Falter.
Obwohl die Fauna der Tagfalter erforscht wurde, sind die Nachfalter so gut wie unbekannt. Unter ihnen ist die größte Falterart in der kroatischen Fauna einfach bemerkbar– das Wiener Nachtpfauenauge (Saturnia pyri).

Auf dem Gebiet des Parks wurden mehr als 100 Tagfalter verzeichnet, unter welchen die Vertreter der Familie Bläulinge am zahlreichsten sind (Lycaenidae). Die größten Tagfalter sind der Segelfalter (Iphiclides podalirius) und der Schwalbenschwanz (Papilio machaon). Einer der schönsten kroatischen Schmetterlinge, der Apollo (Parnassius apollo) bewohnt die Hochgebirgswiesen.

Schwalbenschwanz (Papilio machaon)

In der Gruppe der Amphibien und Reptile verzeichnete man 31 Arten. Unter den Schlangen wurden 11 Arten verzeichnet. Am häufigsten im Park sind die ungiftigen Balkan-Zornnattern (Hierophus gemonensis), Leopardnatter (Zamenis situla) und Äskulapnatter (Zamenis longissimus). Die einzigen Giftschlangen auf diesem Gebiet sind der Europäische Hornotter (Vipera ammodytes) und der seltene Wiesenotter (Vipera ursinii macrops).

Adriatische Mauereidechse (Podarcis melisellensis)

Vögel sind die zahlreichste Gruppe von Wirbeltieren. Die Vögel sind auf dem erweiterten Gebiet des Parks mit 260 Arten vertreten, wovon 112 Arten Nistvögel sind. Unter ihnen soll die Gemeinschaft der Vögel erwähnt werden, welche die Felsen und Kliffe in den Schluchten von Mala und Velika Paklenica mit 24 Vogelarten bewohnen. Am häufigsten sind der Felsenkleiber (Sitta neumayer) und die Blaumerle (Monticola solitarius).

Vom besonderen Wert für den Park sind die gefährdeten und seltenen Arten von Greifvögeln, wie zum Beispiel  der Steinadler (Aquila chrysaetos),  der Wanderfalke (Falco peregrinus), der Schlangenadler (Circaetus gallicus) und der Habicht (Accipiter gentilis). Im Park verzeichnete man sieben Arten von Eulen. Am zahlreichsten sind der Waldkauz (Strix aluco) und die Zwergohreule (Otus scops), und in der Schlucht von Velika und Mala Paklenica nistet regelmäßig auch die größte europäische Eule – der Uhu (Bubo bubo).

Der Waldbestand ist reich an Spechten, unter welchen der Weißrückenspecht (Dendrocopos  leucotos) und der Mittelspecht (Dendrocopos medius) die seltensten Arten sind. Der Dreizehenspecht (Picoides tridactylus) wurde nur in den Jahren 2008 und 20009 verzeichnet, als in den Baumstämmen verbrannter Kiefer die Population der Borkenkäfer ausbrach.

Der Gänsegeier (Gyps fulvus) war bis Ende 1999 mit drei Paaren vertreten. Leider trugen die abfallende Zahl von Viehtieren auf Velebit und die immer häufigeren Versuche der Vergiftung von Raubtieren (insbesondere Wolf) dem Aussterben der Gänsegeier auf dem Gebiet des Parks bei.

Buntspecht (Dendrocopos major)

In der Gruppe der Säugetiere wurden 53 Arten verzeichnet. Von den großen Arten sind in dem Park das Reh (Capreolus capreolus), der Hirsch (Cervus elaphus), die Gams (Rupicapra rupicapra) und das Wildschwein (Sus scrofa) zu sehen.

Folgende Raubtiere haben ihren Lebensraum auf dem Gebiet des Parks gefunden: Braunbär (Ursus arctos), Wolf (Canis lupus), Luchs (Lynx lynx), Fuchs (Vulpes vulpes), Wildkatze (Felis sylvestris), Hausmarder (Martes foina) und Kleinwiesel (Mustela nivalis).

 Wildkatze (Felis sylvestris)

Das unterirdische Wildleben

Der unterirdische Bereich ist ein spezifischer Lebensraum, in welchem nur besonders angepasste Arten überleben können. Hier sind keine autotrophen Organismen vorhanden (Pflanzen), weswegen die Nahrungsketten gekürzt sind. Das ist auch der Grund dafür, dass in den Höhlen keine pflanzenverzehrenden Tiere zu finden sind. Die für die Erhaltung des unterirdischen Lebens erforderliche organische Substanz kommt von der Oberfläche, zerkleinert oder aufgelöst im Wasser oder unterirdischen Sturzbächen. In vielen Halbhöhlen des Nationalparks Paklenica stammt die organische Substanz von den verbleibenden Resten des Viehkotes – hier fanden die damaligen Einwohner Schutz vor ungünstigen Bedingungen, Regen und Bora für sie und ihr Vieh (zum Beispiel die Höhlen Mokrača, Šupljarka und Lukčeva).

Für den unterirdischen Bereich sind zwei Typen von Lebensräumen bedeutend – Wasser und Festland. Das Wasserhabitat besteht aus Teichen und dauerhaften oder vorläufigen Flüssen, aber auch aus einer dünnen Wasserschicht, welche auf Sintern und Höhlenwänden überläuft. Die dünnen Wasserschichten auf der Erde und Anhäufungen von zersetzten organischen Überresten sind reich an unterirdischen Tierchen. Hier kann man eine Reihe von verschiedensten Gruppen finden, wie kleine oder mikroskopisch kleine Arten von Krabben, Milben, Butten, Vielborstern, Spinnen, Pseudoskorpionen und Käfern.

Unterirdische Tiere, welche ihr ganzes Leben unter der Erde verbringen, werden Troglobionite genannt. Wegen Lichtmangel wurde der Körperbau dieser Tiere im Vergleich zu oberirdischen Tieren geändert – meistens haben sie kein Augenpigment. Deswegen werden neue Anpassungen entwickelt, wie Tastsinn (lange Tentakel, Körperhaar), Sinn für Feuchtigkeit, sowie verschiedene Formen von Chemosensoren.

Höhlenheuschrecke (Troglophilus cavicola)

Bisher sind zwei endemische Krabbenarten aus der Höhle Manita peć am bekanntesten - Proasellus coxalis lucifugus und Bogidiella sketi. In der Gruppe der Pseudoskorpione (Pseudoscorpionida) ist die endemische Art Chthonius radjai die interessanteste.        
Unter Insekten verzeichnete man in der Höhle Typhlotrechus bilimeki ssp. Likanensis und L. hochenwarti ssp. velebiticus.

Sniježnica auf Buljma ist der Lebensraum der endemischen Käferart Nebria velebiticolla. Man verzeichnete noch zwei Käferarten - Redensekia likana ssp. likana und Spelaeodromus pluto.
Sniježnica gegenüber Babin vrh ist der Lebensraum der interessanten und häufigen Art  Astagobius angustatus ssp. vukusici.
Die Grube unter dem Fels von Buljma ist das Habitat der schon erwähnten seltenen Art Leptodirus hochenwarti ssp. velebiticus.

In den Höhlen des Nationalparks sind Arten vorhanden, welche einen Teil der Zeit auf der Oberfläche verbringen, und zwar meistens nachts. Sie werden Troglophile genannt. In dunklen, kalten und feuchten Nächten kommen sie auf die Oberfläche und aus der Höhle, meistens auf der Suche nach Futter. In diese Gruppe zählen Grylomorpha dalmatina und Troglophylus cavicola.

Fledermäuse

In dem unterirdischen Bereich sind oft auch Tierarten zu finden, welche die Höhlen betreten, um Schutz vor ungünstigen Außenbedingungen zu finden. Meistens sind das verschiedene Insektengruppen, wie Köcherfliegen, Zweiflügler und Nachtfalter.

Fledermäuse zählen auch in diese Gruppe, weil sie in den Höhlen ausruhen, fortpflanzen und ihre Neugeborenen aufziehen, und das Futter finden sie außerhalb der Höhlen.