Die wasserdichten Sedimente befinden sich unter den hochporösen und karstigen Ablagerungen von Karbonatgestein, im erweiterten Teil von Velika Paklenica, Brezimenjača und den Quellenbereichen von Mala Paklenica und des vorläufigen Flusses von Orljača.

Deswegen sind im Nationalpark einige dauerhaften oder vorläufigen Flüsse und eine Reihe von dauerhaften Quellen zu finden. Die dauerhaften Quellen vom hochwertigen Trinkwasser sind Stražbenica, Kontinovo vrilo, Crno vrilo und Pećica.
Die stärkste Quelle von Velika Paklenica ist die Quelle Ivina vodica (1200 m über dem Meeresspiegel), und es folgen Kontinovo vrilo (870 m/ü.d.M.), Crno vrilo (780 m/ü.d.M.) und Jukića vrilo (600 m/ü.d.M.). Über Ramić befindet sich die Quelle Vratrovac, und die Quelle des vorläufigen Wasserflusses Brezimenjača befindet sich bei 1000 m über dem Meeresspiegel. Auf dieser Höhe liegt auch die Quelle Suhe drage.

Der Bach Velika Paklenica versinkt meistens auf dem Gebiet unter Anić luka. Mit seiner ganzen Länge fließt er bis zur Mündung ins Meer, und zwar während der Regenzeit im Frühling, Herbst und Winter.

Die Quelle des Wasserlaufes von Mala Paklenica befindet sich über Vlaškogradska draga, auf etwa 1000 m, die Leistung ist schwächer und hängt von der Jahreszeit und den Niederschlägen ab. Der Wasserlauf versinkt allmählich bis zum Parallelfluss von Orljača.  In der Schlucht ist der Bach im regnerischen Herbst, Winter und frühem Frühling aktiv, wenn bei der Kote von 484 m der Sturzbach von Orljača in ihn einfließt (die Quelle von Orljača liegt unter den Hängen von Sveto brdo.

Auf dem Gebiet von Velika Močila befindet sich die eingezäunte Quelle Staro vrilo mit einigen Tropfquellen. Diese sind auch auf dem Gebiet von Mala Močila zu finden, jedoch in den feuchten Teilen des Jahres. Im Höhengebiet von Velebit sind dauerhafte Wasservorkommen in Babino jezero unter Babin vrh zu finden.